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Os principais acessos ao concelho são:
- IP2 e EN 122 – Beja – Vila Real de Santo António que liga à A22 de acesso a Espanha e toda a região do Algarve.
- EN 123 – Mértola -Castro Verde que dá acesso à A2 que liga Lisboa ao Algarve.
- EN265 – Mértola –Serpa.
- EN267 – Mértola – Almodôvar que dá acesso à A2 que liga a Lisboa e ao Algarve
- Rio Guadiana – Navegável da Foz até à vila de Mértola (cerca de 69km) com condicionante de maré.
- Ligação rodoviária a Espanha, através da Ponte Transfronteiriça sobre o Rio Chança – ligação Pomarão – El Granado.